A kde je vlastně zakopaný pes? Bylo identifikováno pět slabých míst při čerpání z fondů EU. Jde především o základní nastavení a nezávislost auditního systému, řešení nesrovnalostí kontroly vykonávané řídícími orgány či zpřísnění personální politiky. Česká republika do června připraví taková opatření, která budou řešit slabá místa systému nastaveného v roce 2006. Hlavní změnou bude postupné převedení pověřených auditních subjektů pod ministerstvo financí, což je významná systémová změna, která se promítne do nastavení všech operačních programů. Dojde k faktickému posílení metodické a auditní role ministerstva financí, které by mělo EK přinést dostatečnou míru jistoty, že řídící a kontrolní systémy v ČR fungují nezávisle a spolehlivě.

Výhrady EK směřující k absenci zákona o státní službě budou operativně řešeny metodickými postupy pro výběr zaměstnanců ve strukturálních fondech.  I v ostatních oblastech jsou již připravovány konkrétní kroky, které do června 2012 přinesou potřebná zlepšení. Výtky EK, včetně potřebných nápravných kroků, bude vláda projednávat na některém ze svých nejbližších jednání.